沉積型碳酸錳礦石中，主要錳礦物是菱錳礦、鈣菱錳礦、含錳方解石和菱錳鐵礦等;脈石有硅酸鹽和碳酸鹽礦物;也常伴生硫和鐵等雜質。礦石一般比較復雜，錳礦物嵌布粒度細到幾微米，不易解離，往往難于得到較高的精礦品位。

碳酸錳礦石選礦生產實踐較少，研究了強磁選、重介質選礦和浮選等方法。有的沉積型含硫碳酸錳礦石，生產上采用了炭質頁巖、黃鐵礦和錳礦物的順序優先浮選流程。有的熱液型含鉛鋅碳酸錳礦石，采用了浮選一強磁選流程。某些含硫富錳礦石，錳礦物主要是硫錳礦，可以采用焙燒方法除硫。有的富碳酸錳礦石生產上也采用焙燒方法，除去揮發成分，得到成品礦石。

氧化錳和碳酸錳礦石中都含有一些難選礦石，錳與鐵、磷或脈石緊密共生，嵌布粒度極細，難以分選，可以考慮用冶煉方法處理。例如，處理高磷高鐵錳礦石的富錳渣法，生產活性二氧化錳的硝酸浸出法和生產金屬錳的電解法等均已有產業生產。此外，還在研究連二硫酸鈣法和細菌浸出法等。

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